Le "Comité de Pilotage" comprendra un membre issu de l'ACP secretariat, qui en sera le président, un représentant du "Conseil Scientifique" un représentant de chaque station de recherche et un représentant de la Commission Européenne. L'unité de coordination participe aussi au réunions du Comité de Pilotage à la fois en qualité de membre observateur et comme secrétaire du comité.

Le "Conseil Scientifique" sera responsable de l'évaluation des projets de recherche et de leur révision régulière, de l'évaluation des actions mise en oeuvre et des résultats obtenus, en faisant des recommandations si nécessaire. Il rend compte au Comité de Pilotage. Les membres du Conseil Scientifique sont des scientifiques reconnus dans le milieu de la canne à sucre, issus et nommés par les pays du groupe ACP et les pays leader de la production cannière comme l'Australie, le Brésil, l'Inde...